申告分離課税制度とは、一定の所得について、他の所得金額と合算せずに、分離して税額を計算し、確定申告によりその納税する制度です。
申告分離課税制度となっている所得の例としては、山林所得、土地建物などの譲渡所得、株式等の譲渡所得等および先物取引による雑書得等があり、該当する所得によって税率が異なります。
総合課税制度とは、各種の所得金額を合計して所得税額を計算するもので、課税所得金額によって、税率が異なります（超過累進税率）。