特定口座内での上場株式譲渡益に対する課税処理は下記のようになります。
「源泉徴収あり」の場合
取引が行われ、利益・損失がそれぞれ発生するごとに当年度の「年初からの累計譲渡損益」が計算されます。それに対応して、税金の源泉徴収・還付が自動的に行われます。
（1）譲渡益が発生すると、利益の20.315％（所得税：15.315％、住民税：5％）※が源泉徴収されます。
　　　※2013年から2037年は、復興特別所得税として、所得税額に2.1％乗じた金額が加算されています。
（2）譲渡損失が有れば、源泉徴収済金額の範囲内で損失の20.315％（譲渡益に対する税率と同率）が還付されます。お取引の翌朝以降「取引履歴」画面でご参照いただけます。「譲渡益税」「還付金」で表示しています。その年度分が終了後、お客様の下に当該年度の譲渡損益計算結果を記載した｢特定口座年間取取引報告書｣が郵送されます。
【例1】 10月10日　10万円の利益　2万円源泉徴収
11月12日　5万円の損失　1万円還付
12月15日　1万円の利益　2千円源泉徴収
結果　　　6万円の利益　1万2千円納税
【例2】 10月10日　10万円の利益　2万円源泉徴収
11月12日　5万円の損失　1万円還付
12月15日　7万円の損失　1万円還付（源泉徴収済金額の残りが1万円しかないため、1万4千円ではありません）
結果　　　2万円の損失　納税額無し
※上記例では、便宜上、譲渡益に対し税率20％の課税でのイメージを記載しております。
　2013年1月からは復興特別所得税として、所得税額に2.1％乗じた金額が加算されており、実際の譲渡益に対する税率は、20.315％（所得税15.315％、住民税5％）となります。
※譲渡損失の翌年度以降への繰越等を行う場合や、他社での取引との損益通算を行う場合には、｢年間取引報告書｣を用いて確定申告を行ってください。

「源泉徴収なし」の場合
取引が行われ、利益・損失がそれぞれ発生するごとに当年度の「年初からの累計譲渡損益」が計算されます。上記「源泉徴収あり」の場合と異なり、源泉徴収や還付などはおこなわれません。翌年の1月に、お客様のご住所宛てへ｢特定口座年間取引報告書｣が郵送されますので、記入された｢年初からの累計譲渡損益｣に基いて確定申告を行い、課税関係を終了させてください。