NISA口座内の取引において生じた売買損益は、その他の口座で生じた売買損益との通算はできません。NISA口座内での譲渡益、および配当金等は非課税であり、譲渡損失もないものとみなされます(確定申告の必要もありません)。
なお、売却前にNISA口座から、特定口座・一般口座へ移管することは可能ですが、移管後の取得日は移管日、取得価額は移管日の時価となり、売却時に実際と異なる損益を計上することとなりますので注意が必要です。