上場株式等譲渡損失の3年間繰越控除を利用するには、損失が発生した年度に当損失について確定申告を行ってください（特定口座・一般口座を問わず確定申告が必要です）。
その後、損失発生年から通算による控除を受ける年まで、連続して確定申告していることが必要です。譲渡益が無い或いは取引をしていない年でも確定申告をする必要があります。

翌年以降に通年で上場株式等の譲渡益が発生した場合にはそれを上記と併せて確定申告することで損益通算および控除を受けることが出来ます。　

【ご注意】
・譲渡損失は証券会社等への売委託により売却した場合の損失に限られます。個人間での売却等は対象外です。
・通算する相手の譲渡益は、上場株式等の譲渡益に限定はされません。取引相場の無い株式の譲渡益とも通算できます。