上場株式等の売却益にかかる課税については、原則として確定申告が必要となりますが、この確定申告を不要としたり、確定申告の事務負担を軽減するための制度が「特定口座制度」です。特定口座は「源泉徴収あり」と「源泉徴収なし」の 2種類があり、特定口座開設時に「源泉徴収あり」、または「源泉徴収なし」のいずれかを選択いただきます。

■特定口座「源泉徴収なし」

証券会社が売買益の計算、および取得費の管理を行い、1年間の譲渡損益を記載した年間取引報告書を作成し、お客様に交付します。お客様は年間取引報告書を使用し、簡易に確定申告することが可能です。原則として、確定申告が必要です。

特定管理口座は、特定口座に保管している株式が無価値化した場合、みなし譲渡損失の特例を受けられる口座です。
特定管理口座で保管していた株式について、その価値が無くなった場合(無価値化)には、「価値損失株式に係る証明書」を交付しますので、確定申告により、その損失が確定した年の分の譲渡損失として他の株式等の譲渡益から控除することができます。なお、この特例において損益の通算ができるのは、特定管理口座で管理されている株式が無価値化した年のみです。翌年以降に持ち越すことは出来ませんのでご注意ください。

■株式等の譲渡損失とみなすことができる無価値化の要因

・解散による清算結了
・破産手続開始の決定
・会社更生計画又は民事再生計画に基づく100％減資
・特別危機管理開始決定(いわゆる銀行の国有化)

■ご留意点

株券電子化後に上場廃止となった銘柄については、原則的に最終売買決済日の翌営業日がほふりの取扱廃止日となり、お客様のお預り残高から抹消されます。よって将来当該株式について無価値化事由が発生しても、 無価値化損失(みなし譲渡損失)は認められないこととなります。
ただし、以下に掲げる条件のすべてを充たす場合に限り、ほふりによる取扱いが継続され、特定管理口座での管理も継続されます。

・上場廃止の原因となる事実が、会社の解散(合併による解散を除く)民事再生手続開始の申立てまたは会社更生手続開始の申立て
・ほふりの取扱継続期間において、発行者と株主名簿管理人との契約が継続されていること。
・ほふりの取扱継続期間において、発行者がほふりの定める手数料を支払うこと。
・機構の取扱継続期間において、機構が定める業務処理の方法に従うことを発行者が再度確認していること。

なお、上記要件のいずれかが満たされない株式については、取扱廃止日以前に無価値化事由（破産手続き開始の決定など）が発生しているときを除き、原則どおり最終売買決済日の翌営業日にほふりにおける取扱いが廃止されますので、特定管理口座での管理が実質的に行うことができません。